Ο ΟΦΗ στην υδατοσφαίριση δίνει μεγάλη βάση στην υποδομή και στις μικρές ηλικίες. Η φωτογραφία είναι απο την ομάδα του ΟΦΗ, με αθλητές γεννημένους το 2006 και νεότερους (Κ12), η οποία μετέχει στο αναπτυξιακό πρωτάθλημα Κρήτης, με ομάδες απο τις περιοχές του νησιού. Ο ΟΦΗ στην υδατοσφαίριση, λειτουργεί ακόμη ομάδες στις ηλικίες Κ15, Κ18 και γενικότερα δουλεύει πολύ στο κομμάτι των υποδομών και την ανάδειξη αθλητών που θα στελεχώσουν μελλοντικά την πρώτη ομάδα. Η υδατοσφαίριση του ΟΦΗ, διαθέτει ακόμη υποδομές και στα κορίτσια, αλλά και ομάδα γυναικών στην Α2 πόλο, όπως είναι και οι άνδρες.
