Με γεωγραφικά κριτήρια (ανατολικά-δυτικά νομού Ηρακλείου) και κλήρωση των ομάδων με έδρα στο κέντρο της πόλης Ηρακλείου, έγινε στα γραφεία της ΕΠΣΗ η συγκρότηση των ομίλων της Β' Κατηγορίας περιόδου 2015-2016. Όπως αποφάσισε νωρίτερα από την κλήρωση το Δ.Σ. της ΕΠΣΗ, το πρωτάθλημα θα διεξαχθεί με δύο ομίλους των 15 ομάδων. Η συγκρότηση των ομίλων έχει ως εξής:

Α’ ΟΜΙΛΟΣ
1) Βόνη
2) Γούβες
3) Διαγόρας
4) Ηρακλής Νιπιδιτού
5) Μοχός
6) Πατούχας  
7) Πήγασος
8) Τριτωνία
9) Ινι
10) Εθνικός
11) Ελπίδες
12) Νέοι Ηροδότου
13) Πόρος
14) Χαραυγή
15) Ποσειδώνας

Β’ ΟΜΙΛΟΣ
1) Ασήμι
2) Κόρακας
3) Μεταξοχώρι
4) Παλιανή 2008
5) Τύλισος
6) Πηγαϊδάκια
7) Πυργού
8) Γοργολαίνι
9) Αναγέννηση Δ.Π.
10) Δειλινά
11) Δόξα Μασταμπά
12) Νέοι Εργοτέλη
13) Ελλάνιος Δαίδαλος
14) Ολυμπιακός Μαλεβιζίου
15) Νέοι Αλμυρού/Αθλόπολις